本作品的故事背景设定在前作一万二千年之后的未来世界。主人公阿玛塔‧空是一名普通市民，他在戏院观看电影《Aquaria舞动于空》时，结识了一个狂热的影迷御子乃‧铃白。两人因为对这部电影的热爱而开始在城市中漫步。突然，Altair界向他们所在的城镇发起了一系列攻击，而这次攻击不同于以往，新型的Abductor让人类方面的机械天使Aquaria束手无策。战火很快波及到了阿玛塔和御子乃‧铃白，阿玛塔在危急关头使用了自己的身体潜能Element能力逃脱，但却被Aquaria系统选中成为Vector Z的驾驶员……这是一场终焉所引导的神话，故事由此开始！

        阿波罗的配音由寺島拓篤担任，他是一名优秀的飞行员。头翅的配音由森川智之担任，他是一名机械天使Aquaria的操纵员。强·杰洛姆·乔鲁巧的配音由飛田展男担任，他是一名机械天使Aquaria的操纵员。苏菲亚·布兰的配音由玉川砂记子担任，她是一名机械天使Aquaria的操纵员。不动司令的配音由石塚运昇担任，他是一名高级军官。李俊的配音由阪口大助担任，他是一名机械天使Aquaria的操纵员。鸫·罗森麦亚的配音由日笠山亜美担任，她是一名机械天使Aquaria的操纵员。丽娜·卢恩的配音由佐藤裕美担任，她是一名机械天使Aquaria的操纵员。红丽花的配音由小林沙苗担任，她是一名机械天使Aquaria的操纵员。

        在这个充满未知和危险的世界里，阿玛塔和他的伙伴们将面临各种挑战和考验。他们将不断探索未知的领域，发现隐藏在这个世界中的秘密，同时也将面对来自Altair界的强大敌人。这是一场充满战斗和冒险的旅程，究竟他们是否能够战胜敌人，守护自己所珍视的东西呢？敬请期待。