2016年，日本的首都圈突然出现了一个巨大的茧，这个茧被人们称作“Phenomenon”，已经过去数月，但茧的正体仍未被确认。茧内部的情况也非常神秘，被吸收到茧内的人们会变得疯狂并开始相互残杀。这种情况让日本政府非常焦虑，为了解决这个突然出现的Phenomenon，政府组织了一个特殊部队——扩张少女系Trinary，该部队受总务省情报管理厅管辖，是一个特别攻击队。

        扩张少女系Trinary的队员都是一些年轻的女孩，她们的任务是进入Phenomenon茧内，调查这种现象并尽可能地消灭茧内的危险因素。这个部队的队员们都有着不同的背景和个性，她们将会在这个任务中面临各种各样的挑战和考验。她们的任务非常危险，但她们的勇气和决心将会让她们克服所有的困难。

        逢濑燕是扩张少女系Trinary的队长，她是一个非常勇敢和聪明的女孩，她会带领她的队员们完成各种任务。卯月神乐是一个非常可爱的女孩，她的特长是操纵机器人。加布丽艾拉·萝塔卢因斯卡是一个来自欧洲的女孩，她的特长是使用武器。国政绫水是一个非常优秀的情报分析员，她的工作是为队员们提供各种情报。恋崎雅是一个非常独立和自信的女孩，她的特长是使用特殊装备。东云真幌是一个非常温柔和善良的女孩，她的特长是治疗和护理。最后，皇千羽鶴和小金井聖翔是两个新加入的队员，她们的特长还没有被揭示。

        扩张少女系Trinary的队员们将会在这个任务中面临各种各样的危险和挑战，但她们的勇气和决心将会让她们克服所有的困难。她们的任务是非常重要的，因为只有她们能够解决Phenomenon这个神秘的现象。