小学生上原康一放暑假回家路上捡到一块大石头，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。小咕会说人类的语言，几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他们一起洗澡，一起吃饭，一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕，小河童成了上原一家的秘密。

        康一发现小咕非常孤独，因为他是唯一的河童。于是他决定带小咕去寻找其他河童。小咕很兴奋，但当他们到达外面的世界时，他感到非常失望，因为这个地方根本就找不到伙伴。康一看到小咕的失落，他也感到非常难过。为了让小咕了解外面的世界，他决定带小咕去旅行。他们来到了还保存着河童传说的远野县。在美丽的大自然中，他们找到了适合河童生活的地方。小咕在清澈的河里游泳，非常开心，康一也为他高兴。但是，他们还是找不到其他河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千万呢！”，赶忙带着小咕离开了那里。

        回到家，康一被一个小报记者撞见了。原来那人听说上原家养着一只河童，一定要拍照。小咕的秘密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司勒令一定要让河童上电视。为了上原一家，小咕……